【实用】Bioconductor的正确使用

# Bioconductor 软件仓库
## 项目简介
Bioconductor 为高通量基因组数据的分析和可视化提供开源工具。Bioconductor 多数软件包采用 R 统计编程语言开发。Bioconductor 每年释出两个版本，并有活跃的用户社区。

[【清华大学开源软件镜像站】](https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/help/CRAN/)

## 使用方法
[Bioconductor](https://www.bioconductor.org/) 镜像源配置文件之一是 `.Rprofile`（linux 下位于 `~/.Rprofile`, Windows 下位于 `~\library\base\R\Rprofile`）。

在文件末端添加如下语句或在 `R/RStudio` 终端下键入：
```
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
```
即可使用该 Bioconductor 镜像源安装 Bioconductor 软件包。命令如下：
```
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("$package")
```

## 离线使用
如果您只能访问内网镜像站，在完成下列步骤后，依然可以正常使用 Bioconductor 镜像。
1. 确保 BiocManager 的版本不低于 `1.30.12`。
2. 使用一台可以访问公网的设备，访问 https://bioconductor.org/config.yaml 下载 `config.yaml`，并将该文件拷贝到 `BiocManager` 所在的内网设备上。然后，在 `~/.Rprofile` 添加，最后该配置文件就如下：
```
options(
    BIOCONDUCTOR_CONFIG_FILE = "file:///path/to/config.yaml"  # config.yaml 所在的路径
)
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
```