conda构建虚拟环境

# 安装conda

# 配置
配置文件`~/.condarc`文件内容如下：
```
channels:
  - defaults
show_channel_urls: true
default_channel_urls:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
ssl_verify: true
channel_priority: flexible
report_errors: true
```
安装系统时用的conda，Miniconda3
```
channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
  - genomedk
  - conda-forge
  - bioconda
  - defaults
```

# 构建虚拟环境
```
conda create -n renv r-base=4.2.0
conda activate renv
conda list
```
**报错**：conda list时报错：
```
ModuleNotFoundError: No module named '_sysconfigdata_x86_64_conda_cos7_linux_gnu'
```
问题的出现原因定位为：在某一个版本的python中丢失了一个备份文件，通常在同一个版本的python下会有两个相同的_sysconfigdata_x86_64_conda_cos7_linux_gnu.py文件和_sysconfigdata_x86_64_conda_linux_gnu.py文件。而在某些程序的运行过程中会依赖于其中的一个，因此我们需要做的就是检索系统中是否存在有这两个文件：
```
$ sudo find ~ -name _sysconfigdata_x86_64*
[sudo] dechin 的密码： 
/home/dechin/anaconda3/lib/python3.8/_sysconfigdata_x86_64_apple_darwin13_4_0.py
/home/dechin/anaconda3/lib/python3.8/__pycache__/_sysconfigdata_x86_64_apple_darwin13_4_0.cpython-38.pyc
/home/dechin/anaconda3/lib/python3.8/_sysconfigdata_x86_64_conda_cos6_linux_gnu.py
```
这儿发现目录有哪个就，给他复制一个该缺失的名称文件。

## 删除虚拟环境
```
conda remove --name 环境名称 --all
```

# 安装R包
```
install.packages("BiocManager")
install.packages("BiocManager", repos = "https://cran.rstudio.com/")
BiocManager::install("ExomeDepth")
```
# conda安装软件常见问题
## 常见问题1 
### 问题展示
```
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: unsuccessful initial attempt using frozen solve. Retrying with flexible solve.
Solving environment: unsuccessful attempt using repodata from current_repodata.json, retrying with next repodata source.
Collecting package metadata (repodata.json): done
Collecting package metadata (repodata.json): done
```
此错误表明 `conda` 在解析和安装依赖包时遇到了问题，可能是由于包冲突、过时的通道、环境配置不当等原因。

### 原因
当 `conda` 尝试安装包时，它会进行依赖关系的解析。此过程中，它需要通过不同的元数据（`repodata.json` 或 `current_repodata.json`）来确定包的版本和依赖关系。导致安装失败的常见原因包括：
![](/media/202412/2024-12-26_163121&N41ZKJkr8UEQ7FGvRdy5.png)

### 解决