从数据库中获取免疫相关基因(IRGs)

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生信分析中有时会需要获取免疫相关基因（IRGs)，可以从下面2个数据库中获取。
## 一、ImmPort Database
ImmPort的全称为 The Immunology Database and Analysis Portal，是由美国国立卫生研究院（National Institutes of Health，NIH）、美国过敏症和传染病研究所（National Institute of Allergy and Infectious Diseases，NIAID）和过敏、免疫和移植部（Division of Allergy, Immunology, and Transplantation，DAIT）共同开发维护的一项免疫相关数据库。

1. 数据库网址：[ImmPort Portal](https://www.immport.org/home)

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2. 在首页菜单栏找到Resources，点击进入资源页面;

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3. 在“Resources”资源页面，找到“Gene Lists”按钮，进入“Gene Lists”页面，随后我们看到数据库收录的免疫相关基因，在表格下方点击“Gene Summary”就可以下载免疫相关基因，列表下载时一个xls文件；

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5. 数据包括：免疫基因的名称、gene ID、全称、别名、所在的染色体、以及免疫基因的功能属性；

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得到免疫相关基因，我们就可以结合TCGA或者GEO等数据库数据，进行后续分析......

## 二、InnateDB Database（每周更新）
innateDB是一个公开的数据库，该数据库13年被发表在Nucleic Acids Research 上(IF:11.561)，InnateDB可以系统地分析哺乳动物先天免疫网络，通路和基因。包含人类、小鼠和牛对微生物感染的先天免疫反应中涉及的基因、蛋白质、经实验验证的相互作用和信号通路。该数据库通过整合主要公共数据库中已知的交互作用和途径，以及人工整理的数据，将先天免疫互动体的覆盖率提高到一个集中的资源中。到目前为止，InnateDB策展团队已经手工策展了18780次修订。该数据库可以被挖掘为知识库或与我们的集成生物信息库一起使用.

1. 数据库网址：[InnateDB](https://www.innatedb.ca/)

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2. 除了注释分子相互作用外，InnateDB现在还注释了哪些基因在先天免疫中发挥作用，提供了该角色的简要概述以及与相关出版物的链接。该数据集可在数据库获得，目前包含超过1500个基因（957个人，527个小鼠和46个牛），并且是可用的先天免疫中涉及的最全面的基因列表。

3. 获取一个完整的先天免疫基因列表。

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4. 页面中，通过点击Download，下载一个excel表格；

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可以看到下面还有具体的注释，因为包含许多物种，可以通过去重和物种筛选人类的先天免疫基因列表Homo sapiens。

5. 列表结构包括InnateDB ID，基因名，物种，Pubmed ID以及注释信息；

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得到免疫相关基因，我们就可以结合TCGA或者GEO等数据库数据，进行后续分析......